恋人ジャンヌの父親であるラ･グルヌイユとついに対面したトニー。それを知った局長ジェニーは、トニーが潜入捜査官としてジャンヌに近づいたことをギブスたちに打ち明け、携帯の発信地からトニーの行方を追う。ところが、その途中でトニーの車が爆発。現場に到着したギブスたちは焼け焦げた遺体を前に立ち尽くす。一方、ジェニーに頼まれて指紋照合を行ったアビーは、死んだはずのジェニーの父親が今も生きていると断言する。

下士官の死体が発見され、当初はひき逃げと思われたが、至近距離からショットガンで撃たれたことが発覚。さらに現場では撲殺された女性ハイジの死体も見つかる。彼女は詐欺師として罪を重ねていたが、３年前に姿を消していた。司法解剖の結果、ハイジが殺される直前に出産していたことが分かり、行方不明の赤ん坊を捜すために必死で犯人を追うギブスたち。ディノッゾはジャンヌとの別れを引きずりながらも捜査に励む。

海兵隊のレイノルズ大尉の死体が陸軍基地で発見され、ＮＣＩＳと陸軍のマン中佐が合同捜査を行うことに。当初は大尉の上官だったスワイガート少佐が疑われるが、少佐は恋人と食事していたと主張。その恋人がギブスの元妻だったことが発覚し、マン中佐は捜査を進めながらギブスの過去を知ろうとする。アビーは大尉のパソコンから手掛かりを探すが、機密情報を守るため国防情報局の男が派遣され、仕事の様子を監視されてしまう。

ダッキーが司法解剖の実習を行う中、提供された遺体の脳から水銀が漏れ出す。怒ったダッキーは自ら監察医の元に乗り込むが、遺体は身元不明と断定されていた。殺人事件として捜査を開始したＮＣＩＳは、ＦＢＩの新人捜査官と遭遇。殺された男は過去の記録を抹消されており、その黒幕である“イレイザー”をＦＢＩが追っていたことが分かる。アビーとダッキーは、遺体に残された謎のタトゥーから意味を見いだそうと奮闘する。

海軍の軍人アーネットが、飛び降り自殺を図ろうとビルの屋上へ。ギブスが止めに入り自殺を思いとどまった瞬間、向かいのビルから何者かに撃たれてアーネットは死亡してしまう。自殺と他殺、両方の理由を探り始めるギブスたち。アビーが携帯電話を分析すると、ＮＣＩＳの情報分析官ニッキーがアーネットに電話をしていたことが発覚する。ニッキーも捜査に加わるが、チームの面々はそれぞれ別の人物を疑うため、容疑者が絞れない。