モサド局員エヘルによる襲撃を目撃したジヴァ。しかしエヘルは半年前に死んだはずの男だった。ジヴァは現場に車を乗り捨てたため、FBIからスパイ活動と殺人の容疑をかけられ、NCISやモサドからも身を隠すことに。トニーが率いるNCISの捜査員たちはジヴァの無実を信じて救おうとするが、局長ジェニーはFBIへの全面協力を宣言。困り果てたジヴァは、NCISを引退してメキシコに滞在中のギブスに助けを求める。

銀行強盗を働き、さらに共犯者を殺害した罪で服役中の元下士官ポールソンが脱獄。フォーネルの前に現れて無実を主張し、再捜査で真犯人を捕まえるよう要求する。娘に危険が及ぶことを恐れたフォーネルは、ギブスに協力を依頼。ギブスが一時的にNCISに復職したため、新リーダーであるトニーは自分の立場を危ぶんで動揺を隠せない。やがてポールソンの周辺を調べるうちに、彼が生き残った共犯者を追いかけていることが分かる。

ギブスは正式にNCISに復帰。トニーにはスペイン支部へ異動の話が舞い込む。そんな中、血まみれの状態で誘拐される海軍大尉が目撃され、チームは捜査を開始。プログラマーである大尉の家では、ターゲットと書かれたバインダーや、名前のない経歴書が何枚も発見され、パソコンの中には高性能の画像処理ソフトが存在。ダッキーが心理学的剖検を行った結果、大尉は軍で培った知識を利用して結婚相手を探していたことが明らかに。

車中で死亡している兵曹長が発見され、車内には血で書かれた“NCIS”というメッセージと大量のコインが。発砲したばかりの銃を持つ男が捕まり、すぐに事件が解決するかと思いきや、証拠となる銃弾が行方不明でダッキーは頭を抱える。やがて被害者の兵曹長が過去の潜入捜査に参加していたことが分かり、ギブスは当時の担当捜査官だったマイクにアドバイスを求めるが、国土安全保障省が被疑者の身柄引き渡しを要求してくる。

不動産業者が売り家の中で上等兵フィンの死体を発見する。死体は泥だらけで、土の中に埋められていたものを何者かが掘り起こした様子。ダッキーが死因を探る一方、捜査を進めるギブスたちの前にフィンの婚約者と名乗る女性が2人も現れる。彼女たちはフィンがイラクから送った手紙を持っていたが、フィンは派遣の直前に失踪し、イラクには行っていないことが判明。局内で鉢合わせた婚約者2人は取っ組み合いのケンカをする。