ソレは、1946年、カリフォルニアの森の中から始まった。両親とピクニックに来ていた8歳の少女マイアが忽然と姿を消したのだ。その後、何年にもわたって、人種も年齢も異なる何千人もの人々が、世界各地で跡形もなく失踪。しかし、これらの事件に繋がりを見出した者はおらず、どのケースも謎の失踪として片づけられていた。

4400の力があらわれ始める。生還者の一人、ベイリーが自分の会社を乗っ取ったケンジントンを殺した疑いで逮捕されたのだ。死因は、前代未聞の頭蓋骨の粉砕。しかし、ベイリーは、ケンジントンに直接手を下してはおらず、もし彼が犯人なら念力で人を殺したことになる。警察に駆けつけたトムとダイアナはそれを立証できず、ベイリーは保釈。その足でベイリーは、愛しの妻の元、老人ホームに向かい妻の死を知る。傷心のベイリーは、その病院でも力を抑えられず、混乱を招き逃亡。脅威としか思えない彼の力には、いったいどんな意味があるのか？

また別の場所でも、4400の一人が力に目覚めていた。真面目な店員のカールは、妻グレイスとの思い出の場所ブラッドリー・パークの治安を取り戻そうと、自分に授かった超人的パワーをフル活用。強盗をやっつけ、レイプされかかっていた女性を救い出す。新聞ネタにもなり、それを聞きつけたトムとダイアナは、捜査を開始。しかし、カールの自警員として行動は、ますますエスカレート。たったひとりで、公園を、そして町をも救おうとするのだが…

世間の4400への風当たりが高まるなか、さらに国民をあおる事件が発生。21年ぶりに、連続殺人鬼が現れたのだ。容疑者は、 4400の一人でもあるノックス。トムとダイアナは早速、フライデー・ハーバーへ。だが、ノックスのアリバイは完璧。さらに、現場でダイアナが見つけた指紋から、犯人は前科者フィリップ・ロペスと判明。ロペスは、すべての殺人を自供した遺書を残し自殺していた。ところが、第2の殺人が。しかも今度の犯人も、全殺人を進んで自供するのだ。連続殺人犯がふたり!?　トムとダイアナは裏でノックスが関わっていると確信。

カイルが目覚めた。しかし、どうも様子が違う。記憶も混乱していて、まるで別人のようだ。とはいえ、トムにとっては、喜ばしいニュース。その一方で、4400たちの名前と住所がネットに流出。トムとダイアナは、これまでの事件も、結果的には良い方向に向かう波及効果ととらえようとするが、逆に 4400たちの命を狙う爆弾事件が立て続けに3件も発生。うち1件はリリーとリチャードだった。