ハウスは死刑囚の診断をカディに申し出る。そして病院で弁護士として働き始めた元恋人、ステイシーの協力を経て囚人を病院に搬送する。囚人の治療に、カディをはじめフォアマンたちも懐疑的だが、ハウスは自分の主張を通し、囚人が殺人を繰り返した理由が病気に関連しているのではないかと考える。一方、担当の患者にくだされた末期ガンという診断を受容できず、ハウスに助けを求めるが拒まれたキャメロンは彼に怒りをあらわにする。

末期ガンの９歳の少女アンディが自宅で幻覚に襲われ、病院に運ばれる。さまざまな検査の末、幻覚の原因はガンではなく、血栓であることが判明する。この血栓さえ除去すれば、アンディの余命は１年に延びる。しかし血栓の場所を特定するためには“検死”を行う必要があった。検死中、フォアマンが脳の海馬に血栓を見つける。除去手術は無事成功、アンディが退院の日を迎える。勇敢な彼女を見送るハウスの心にわずかな変化が起きていた。

カディが無理に仕事を続けさせたため、作業員アルフレッドが屋根から落下。医師たちは右手の指の変色を見て、血栓が原因と判断する。しかし薬の副作用で容体は悪化。原因が分からず困惑する中、ハウスがカディの家を調べるとコウジカビを発見。真菌性の肺炎と確信し、右手の切断を主張する。片手では働けないアルフレッドを思い反対するカディだが、結局はハウスの意見に従い、切断を実行。しかし左手も壊死しかけていた･･･。

アフリカで結核患者の治療にあたるセバスチャン･チャールズ医師が、米国の製薬会社でプレゼン中、突然倒れ込む。自分は結核だと言い張るチャールズ。セカンドオピニオンを求められたハウスはそれを否定するものの、最終的に結核の治療を行う決意をする。しかしチャールズは、自分が結核で死ねばマスコミが興味を示し、製薬会社の協力が得られると考え治療を拒否した。ハウスはチャールズに治療を受けさせようと策を練るが…。

大学を卒業したばかりのカーネルは、ショック症状に襲われ病院に運ばれた。さまざまな検査を重ねるが原因は判明せず、カーネルは吐き気や胃痛に苦しみ続ける。そんな中ハウスは、父親の嘘の中に病気の原因を見つけた。父親が所有するくず鉄工場で拾い卒業祝いに贈った金属が、実は放射性廃棄物だったのだ。放射能中毒に冒されたカーネルを救う手立てはない。死を目前に、互いに嘘を抱えていた父と息子の心は確かに近づいていた…。