ケイトが何者かに射殺された。ラボにいたアビーも狙撃される。アリの仕業だと確信したギブスと彼のチームは、一丸となって犯人を追う。そんな折、NCISの局長が異動となり、後任にはギブスと旧知の仲であるジェニファーが就く。アリの確保に慎重な姿勢を見せる新局長。さらにそこへモサドのジヴァが現れ、アリはハマスに潜入捜査中のモサドで無実だと主張する。確たる証拠がつかめぬまま、捜査は難航。アリの狙いは、一体何なのか？

アリがジェラルドを人質にダッキーを呼び出した。それに気づいたギブスたちは、必死で彼らの行方を捜す。携帯の位置を特定するが、すでにそこには誰もいなかった。一方、ジヴァを尾行していたトニーは、彼女がアリに偽造パスポートを渡そうとしていることを突き止める。報告を受けたギブスは運び屋を追うが、まかれてしまう。そんな時、アビーがアリの車のナンバーを割り出した。車を発見したギブスと局長を何者かが狙撃。撃ったのはアリなのか？

10年前に22人の女性を殺したとして数日後の死刑執行が決まっているカイル･ブーン。彼はいまだ発見されない被害者の遺体の隠し場所を教えると言い出した。しかし条件は彼を逮捕したギブスと面会すること。ギブスは拒否するが海軍長官は面会を命じた。10年前の取り調べ中、ブーンの言動がギブスに与えた精神的ダメージを知るダッキーは心配する。面会に来たギブスをブーンは精神的に追い込もうとする。果たしてブーンの狙いは何か。そしてこの心理戦の行方は？

140年前の棺の中から保存状態のよい遺体と、当時あるはずもない携帯電話が見つかった。南北戦争の軍服を着た遺体に海兵隊の認識票がついていたためNCISが出動する。遺体は最近殺害された二等軍曹で、死因は生き埋めにされたための窒息死と判明。モサドから派遣されてきたジヴァがチームに加わるが、ギブスに武器を取り上げられ捜査から外されてしまう。一方、棺の中の携帯電話には殺害された軍曹からのメッセージが残されていた。

海軍下士官のジェリー･スミスが走行中、何者かに銃で撃たれる。携帯電話で妻と口論の最中に撃たれたのだ。彼は車ごと崖から転落し死亡した。捜査に当たったNCISはスミスが勤務していた補給部の上司 モリス中佐に彼の死を伝えにいく。被害者の名を聞くとモリス中佐は怪訝そうな顔をして1人の男を指差した。“彼がジェリー･スミスだ。”どうやら被害者はスミスに成り済ましていたらしい。彼が他人に成り済ました理由は？ そして彼は何者なのか？ 事件は思わぬ方向へと進んでいく。