休暇から戻ったブレナンは、ブースに連れられ列車事故の現場へと向かう。線路に放置された車に高速列車が衝突、上院議員を含む3名の乗客が死亡したのだ。ブレナンはジェファソニアンの新所長、カミールの指示を受け、自動車内にあった焼死体の鑑定を始める。その後、車の持ち主は財界の大物、リンチと判明。当初は自殺と思われたが、遺体は衝突前から死亡していたことが明らかになり、ブースは殺人事件として捜査を始める。

カーリー･リチャードソンという女性の変死体がデラウェア湾河口に打ち上げられる。彼女は1年前、妊娠中に失そうし、夫のカイルに殺害されたと見られていた。ブースは夫を逮捕しに行くが、彼は愛人のカレンを残し逃走中。ブレナンたちはカーリーの遺体と、その中にあった胎児の骨、両方の鑑定を進める。その後、「ケニー」という名前入りのペンダントが発見され、ブースはカーリーの友達に事情を聞きに行くことにするが…。

ゴミ収集車から、布に包まれた少年の腐乱死体が見つかる。アンジェラは布についていた染みから被害者の顔を再現、彼がディランという名の、裕福な家の息子であることを突き止める。彼にはケリーという恋人がいたが、彼女が里子であることを理由に、両親から交際を反対されていた。ブースは失踪中のケリーが事情を知っていると見て捜索を開始。一方、自分も里子であるブレナンは、ケリーを疑うカミールと鑑定をめぐり対立する。

散歩中の犬が自然公園の中で白骨死体を発見。鑑定の結果、遺体は9年前に殺された金髪の少女であることが分かる。犠牲者の特徴や犯行の手口から、死刑囚エップスが浮上。昨年、ブレナンたちの働きにより新たな殺人が明らかになり、刑が延期された殺人鬼である。ブースは彼に会いに行くが、エップスはブレナンとの面会を希望。次々と謎の言葉を残し、彼女に戦いを挑む。その後、遺体の手首の骨が別人のものであることが分かり…。

元恋人のレベッカとベッドを共にするブースの元へ、事件の連絡が入る。工事中の住宅内にある浴槽から、薬剤で溶かされた男性の変死体が見つかったのである。その後、遺体は遺伝性の骨形成不全症だったと判明。彼に同じ疾患の子供がいた可能性が高いと見たブレナンは、小児患者のリストをたどり、被害者がラリー･シーバーという電気技師であることを突き止める。だがその後、彼にはもう一つの家庭があったことが明らかになり…。