トム宅。ノートパソコンに仕掛けられたC4爆弾は起爆せず、トムとエリーとメイジーは命拾いする。家族を気づかうトムだが、北アイルランド省大臣がIRAに殺されたためテムズハウスに呼び戻される。テロのニュースに怯えたエリーはメイジーを連れて実家へ。IRAのマッキャンは組織に始末される。
続いてロングストン基地と軍の輸送部隊が攻撃された。容疑者は先週入国したセルビア人グラディッチ。旧ユーゴスラビアで内戦中に虐殺を行った戦犯で、イギリス機の空爆で息子を亡くした報復に来たのだ。ゾーイはセルビア大使館勤務のラドに接近して探りを入れる。映画マニアのラドはビデオショップ店員に変装したゾーイに惹かれて心を許す。国防省の身元調査ファイルを洗ったダニーは、ジム・ノースが内通者だと突き止める。ラドが夕刊紙に広告を出し、暗号でジムに受け渡し場所を指示していたのだ。マルコムたちは暗号解読に追われる。グラディッチの真の狙いは、今日開かれる官房会議室（COBRA）だと判明。首相と政府要人を虐殺するつもりなのだ。知らせを受けたハリーが急遽、会場を変更して事なきを得る。国際司法裁判所では正当な裁きは下らないと感じたハリーとトムは、グラディッチに厳しい刑が下るように性犯罪者だと偽ってエジプトへ送る。

バーミンガムにあるモスクがイスラム過激派の温床となっている、との情報を得たMI5は、アラブ系の若者ジョニーを潜入させるが、正体がバレ、ジョニーはひどい拷問を受ける。政府通信本部（GCHQ）から派遣されてきたルースを加えたトムのチームは、モスクがどれほどの脅威となり得るのかを知りたいのだが、核心には近づけない。入院しているジョニーから得られた情報は、モスクを牛耳るラシードが、少年たちを自爆テロ犯にしたてようと教育をしているという情報のみ。だが、アラブ系の捜査官を見つけ潜入させない限り、次の行動には出られない。そんなとき、アルジェリア秘密警察の元諜報員ハルーンがイギリスに亡命してくる。MI5は彼と接触を図り、ラシードはアルジェリアのイスラム過激組織「ガージ」とつながっているという核心的情報を得る。トムは、彼はどこかの組織の２重スパイではないかと疑いつつも、パスポートを与えることを条件に、モスクへの潜入を要請する。<br />期待通りうまくラシード派に接近するハルーン。ある日、明日が自爆テロの決行日で、自分がテロ実行犯となるアブという少年を現場に連れていく役を与えられたという情報をもたらす。危険だと任務からハルーンをはずそうとするトムをハルーンは殴り倒し、アブを引き止める説得をするために、アブがいる隠れ家へ行く。ラシードは別件で逮捕されるも、テロ実行のときは刻一刻と近づいていく。<br />決行のとき。ハルーンの説得を振り切ったアブは、現場へと向かう。トムらが駆けつける中、ハルーンは必死に今を生きることの大切さを説くが･･･

MI-5のメイン・コンピューターがハッキングされた。逆探知し踏み込んだ先のITフェア会場に、SFM（社会解放運動）の元活動員ゴードンの顔があった。トムたちはゴードンの監視を開始。ゾーイは教師に扮して彼の勤務先である中学校に潜入、ゴードンを取り押さえるが、その間にもハッキングは繰り返されてしまう。トムたちは中学校に通うある少年に目をつけるのだが･･･。

モスクワ。アメリカがロシアに200億ドルの経済支援を行ったが、大物ロシアマフィアのシュヴィトコイに盗まれてしまう。ロンドン。財務大臣の顧問アマンダ、ボウマン銀行頭取リチャードはMI-5にある横領事件の捜査を依頼する。トムたちは銀行員ラインウッドが10億ドルの横領をしたことを突き止めるが、この事件の裏にはロシアを巻き込むある秘密が隠されていたのだった･･･。

今日もMI-5では、新しい一日が始まった。ほぼ全員が出勤すると、突然警報が鳴り、オフィスが封鎖された。1ヶ月以内に実施されるとされていた非常事態対応訓練だ。危機管理官のトムは、オフィスに閉じ込められた人員を率いて、情報を収集、犯人を特定し、危機を回避することになっている。しかし、今回の訓練はどこか違っていたのだった･･･。