前シーズンの最後に、デクスターは自分の兄である冷凍庫キラーを殺害。その後、彼は人を殺せなくなっている自分に気づく。殺人の欲望は確かにあり、現実に殺す必要があるにもかかわらず、自分でも理解できない感情のせいで、その意志は失われていた。冷凍庫キラーに殺されかけたデボラは、マイアミ警察での仕事に復帰する。しかし、その行動からは、まだ職務を遂行できるほど回復していない可能性がうかがわれた。

デクスターは、殺人者としての本能を取り戻そうとしながら、超大物ギャングのリトル・チノを追跡し続ける。デボラは、冷凍庫キラーから受けた大きな心の傷は過去のものになったと自分で思い込んでいるが、仕事中に取り乱してしまう。2人がこの経験を克服しようともがく一方で、FBIの凄腕捜査官であるランディ特別捜査官が、新たに町に現れた連続殺人鬼、ベイ・ハーバー・ブッチャーの事件を解決すべく、マイアミ警察にやってくる。

デクスターが新たな標的に近づく。その殺人者は非常に下劣で、やっと中古車販売員の職にありついているような男だ。デクスターは、その男の調子のいい話術と巧みなウソこそ、自分が最近失っているものだと気づく。実際にデクスターは、深夜の行動についてリタにウソをつけないせいで、彼女に麻薬常習者と思われるようになっていた。そして彼女は、彼が依存症を治すための12ステッププログラムに取り組まなければ、彼の元を去ると迫るのだった。

デクスターは麻薬常習者のふりを続けながら、常習者たちの自助グループで担当の指導員を得、リタを安心させようとする。しかしリタは、その指導員がデクスターとの共通点が多そうな美しい女性だと知り、穏やかでいられない。リタの状況は、疎遠になっていた母親の訪問により、さらに悪い方へ転がる。そしてデクスターは、マイアミ警察に出向してきた、凄腕のFBI捜査官ランディの追跡をかわす方法を見つけなければならない。

デクスターは、幼い自分の目の前で母親を殺した男がまだ生きていることを知る。これを聞いたライラは、常習から抜け出すためのひとつのステップとして、その男と対面することを勧めた。しかも、指導員としてそれに付き添うと言いはる。しかし、デクスターが母親を殺した男を見つけたとき、その男はデクスターを再び苦しい状況に押しやる。。